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獨資、合夥商號如果欠稅，商號老闆可要留意，高雄國稅局表示，由於二類營利事業所得，都是歸入資本主或合夥人名下課稅，因此商號欠稅，可能會從老闆個人或合夥人的退稅款來彌補。
官員表示，依《所得稅法》第14條規定，獨資商號無論規模，其盈餘收入是歸入獨資資本主的營利所得，併在綜合所得總額課稅。
依據《稅捐稽徵法》第29條規定，官員表示，納稅義務人應退的稅捐，稅捐稽徵機關應先抵繳其積欠，而這項規定會同時適用於資本主與獨資商號，因此不論是所得稅、營業稅、貨物稅等稅目，獨資商號與其資本主，欠稅與退稅都會彼此互抵。
舉例說明這項規定的影響，官員指出，首先是獨資組織的退稅，可以抵繳獨資資本主的欠稅，譬如說當商號老闆不慎逾期，因而欠繳綜所稅，當商號取得營業稅退稅款，國稅局就可能主動將商號的退稅，用於抵繳老闆的欠稅。
官員表示，資本主個人如果取得退稅，但是其獨資商號卻有欠稅的話，老闆即便有幸獲得退稅，也會優先被拿去抵繳商號的欠稅。
不過還有另一種歸到資本主綜所稅課稅的形態，官員表示，如果是由多位資本主共同經營的合夥組織，這類稅捐處理就比獨資商號複雜，為維護其他合夥人的權益，合夥組織若有獲退稅，不可以直接抵繳合夥人個人的欠稅。
但如果情況反過來，官員表示，當合夥人有資格取得退稅時，同時合夥組織又有欠稅的話，此時國稅局就會評估，檢視合夥組織的資產負債表，只有在該組織的財產已經不足清償負債時，國稅局才會對合夥人的退稅款出手，抵繳合夥組織的欠稅。