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總機構在我國境內的營利事業應將境內及境外全部所得納入營利事業所得稅結算申報納稅，境外所得已依所得來源國稅法規定繳納的所得稅，可自結算應納稅額中扣抵，財政部南區國稅局提醒營利事業境外可扣抵稅額除了有扣抵限額規定外，因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額，不得申報扣抵。

南區國稅局表示，依所得稅法第3條第2項之規定，營利事業總機構在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。但其源自中華民國境外所得，已依所得來源國稅法規定繳納的所得稅，得自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵。扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加的結算應納稅額。另外，依適用所得稅協定查核準則第36條第2項規定，依所得稅協定規定屬於他方締約國免予課稅的所得，或訂有上限稅率的所得，不得申報扣抵其因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額。

該局特別整理營利事業申報境外所得額計算可扣抵限額時，必須要注意下列事項：
1.境外所得額，係指取得國外收入減除其所提供之相關成本費用後的所得額，而非逕按國外收入全數作為國外所得。
2.可扣抵境外稅額，係指依所得來源國稅法規定繳納的所得稅，營利事業應提出該國稅務機關發給的同一年度納稅憑證，扣抵之數不得超過因加計其國外所得，依國內適用稅率計算增加的結算應納稅額。
3.境外所得如係依租稅協定屬於他方締約國免予課稅的所得或訂有上限稅率的所得，因未適用租稅協定而溢繳的國外稅額，不得申報扣抵。

該局再次提醒總機構在我國境內的營利事業，計算境外所得可扣抵稅額時，應先將境外取得收入減除相關成本及費用計算出境外所得，再依國內適用稅率計算境外可扣抵稅額的限額，並留意有無租稅協定減免所得稅之適用，以維權益。